《開元寶典》的墨香尚未散盡，其浩瀚篇幅中獨立成門的“農桑醫道”部，尤其是其中大量前所未見、圖文并茂的醫藥新知，如巨石入水，在太常寺太醫署、尚藥局以及民間杏林之中，激起了遠比“日心說”更為直接、也更為復雜的波瀾。畢竟，星辰運轉關乎觀念，而醫藥生死，則切切實實關乎每個人的身體與倫常。當那些描繪著清晰人體骨骼、肌肉、內臟位置的“解剖圖”，記載著用刀針處理外傷、癰疽甚至“剖腹取腸”的“外科要術”，以及強調“病氣”（病菌）可通過接觸、空氣、蟲媒傳播，需以“沸水、烈酒、石灰、蒸熏”防范的“防疫輯要”，連同諸多前所未聞的藥方、療法一同被收錄進煌煌國典時，引發的震動可想而知。
格物院醫道館，這個原本在八館中相對低調、以整理古籍和搜集民間驗方為主的分支，一夜之間被推到了風口浪尖。館主秦鳴鶴，本就是京洛名醫，曾以金針刺穴緩解高宗風疾而受賞識，被李瑾延請入格物院。他年近五旬，性情沉穩，精于針灸和內科，對《黃帝內經》、《傷寒論》鉆研極深。起初，他對李瑾提出的“實證醫理”、“解剖明形”、“外科技法”頗感疑慮，認為醫道首重陰陽五行、臟腑氣機，刀針金石乃不得已之下策，且“身體發膚，受之父母，不敢毀傷”，解剖人體有違人倫。但李瑾并未強求，只是讓他先主持整理、驗證《寶典》中計劃收錄的醫藥部分，尤其是那些來自民間、軍隊、乃至域外（如天竺、波斯）的奇方異術，并系統研究常見疾病的癥狀與療法。
在整理過程中，秦鳴鶴和他的弟子們遇到了無數難題。許多古方記載模糊，藥材異名繁多，劑量全憑“少許”、“適量”；對疾病起因的描述，多歸為風寒暑濕、情志內傷或鬼神作祟，治療方法則針、灸、藥、咒禁混雜，療效難以確證。更麻煩的是外科和傷科，軍中金瘡箭傷、民間癰疽骨折，死亡率、致殘率極高，而傳世醫書對此記載簡略，多強調“斂瘡生肌”的方藥，對清創、縫合、正骨手法、預防“潰爛”（感染）幾乎無系統論述。
轉折點出現在麟德十年夏。洛陽周邊數縣爆發“絞腸痧”（霍亂或急性腸胃炎）及“虜瘡”（天花？）疫情，蔓延迅速，死者相枕。太醫署派員救治，仍按傷寒、溫病論治，效果不彰。李瑾緊急命令格物院介入，并授意秦鳴鶴嘗試《寶典》編纂中已初步成形的“防疫法”：隔離病患，沸水消毒衣物器具，石灰水潑灑污染區，要求接觸者以面巾（簡易口罩）覆口鼻，并用高度蒸酒（嘗試提純的酒精）擦拭患處和醫者手臂。同時，對“絞腸痧”患者，試用口服“糖鹽水”（李瑾根據記憶提出的補液概念）替代單純禁食或瀉下。
效果是顯著且令人震驚的。在嚴格采取隔離和消毒措施的村莊，疫情蔓延速度明顯慢于其他地方。盡管仍有死亡，但“糖鹽水”療法確實讓部分上吐下瀉瀕死的患者挺了過來。尤其是一位兵部重傷員，腹部被箭矢所傷，腸子外露，按照傳統做法幾乎必死，但在秦鳴鶴親自指揮下，醫道館的弟子以蒸酒清洗傷口和雙手，用沸煮過的細麻線（嘗試以羊腸線替代但未成功）小心縫合了腸管和腹壁，術后以蒸酒擦拭傷口，并用沸水煮過的潔凈麻布包扎，令其獨居一靜室休養。這名傷員竟奇跡般地避免了常見的“潰爛發熱”，傷口逐漸愈合，月余后能下地行走！
此事在太醫署和洛陽醫家圈中引起了轟動。秦鳴鶴親自經歷了這一切，深受觸動。他開始反思，那些被自己視為“小道”、“未技”甚至“殘忍”的方法，在生死面前，似乎有著傳統醫理無法解釋的奇效。李瑾趁熱打鐵，與他進行了一次長談。
“秦公，醫者仁心，首在活人。無論針砭藥石，還是刀割線縫，皆是手段。若因固守‘身體發膚’之訓，而眼睜睜看傷者潰爛而死，看疫病蔓延奪命，此仁心何在？陰陽五行，乃先賢解釋人身天地之理之模型，其理或有之，然具體到一瘡一傷，一疫一病，若不深究其形，明其所以然，僅憑氣化推演，豈非隔靴搔癢？”李瑾懇切道，“譬如金瘡，若不直視傷口，清除污穢，縫合斷裂，單靠內服湯藥，何以促其愈合？譬如疫病，若不知其可接觸相傳，不設法隔斷，縱有仙丹，何能阻其蔓延？”
他拿出幾卷精心準備的圖冊，那是他憑借記憶和理解，結合詢問軍中瘍醫（軍醫）、屠戶、以及查閱零星古籍（如《靈樞》中模糊的解剖記載，王莽時翟義黨徒被“割剝”的記載）后，繪制的人體骨骼圖、肌肉示意圖、內臟位置關系草圖，雖然粗糙，且有不少錯誤，但大致方位、形狀已遠勝任何傳世醫書中的“內景圖”。旁邊還附有從屠戶處觀察豬羊犬牛等動物解剖得到的類比筆記。
“此非褻瀆，實為敬畏生命，探究造化之妙?！崩铊钢鴪D冊，“人非鬼神，乃血肉筋骨所成。不明骨骼如何支撐，筋肉如何牽引，五臟六腑如何安放，氣血如何通行，何以正骨？何以用針？何以用藥直達病所？古人云‘知其要者，一而終；不知其要，流散無窮’。此‘要’，或就在這實實在在的形體結構之中，輔以氣化運行之理，方為周全?！?
秦鳴鶴撫摸著那些圖冊，內心劇烈掙扎。作為一名有追求的醫者，他當然渴望更了解人體的奧秘，以精進醫術。但倫理的枷鎖、傳統的慣性，如同沉重的帷幕?！疤犹珟?，此心此理，老朽豈能不知？然，人體解剖，千難萬難。何處得來遺體？縱是罪囚、無主尸身，亦犯大忌，必遭物議，官彈劾，恐禍及格物院與太子太師清譽！”
“不急于求成，可從長計議，循序漸進?！崩铊缫延蓄A案，“第一步，我欲奏請天后、陛下，于格物院下，正式設立‘大唐醫學院’，不同于太醫署之侍奉宮廷，亦不同于民間師帶徒。醫學院設‘醫學’（內科、瘟病）、‘瘍科’（外科、傷科）、‘針灸’、‘正骨’、‘婦人’、‘小兒’、‘五官’、‘本草藥石’諸科，系統教授。教材便以《開元寶典?醫道門》為基，融匯古今。招生對象，不僅限于儒醫子弟，亦招收識字的軍中瘍醫、藥戶子弟、乃至有心學醫的僧人、道士。此院宗旨，在培養通曉醫理、精通技藝之實用醫者，尤重外傷、疫病防治，以應軍國百姓之急需。”
“第二步，”李瑾壓低聲音，“解剖之事，可分步而行。先不涉人體，而以獼猴、野犬、家豬等與人體相近之獸類為范本，詳加解剖，繪圖記錄，比較異同，以明大體結構、血脈走向。此事可秘密進行，選可靠之人，于僻靜處所為之。所得知識，可先用于獸類，再謹慎推論于人體。同時，可廣泛搜集軍中處理重傷殘肢、瘍醫治療癰疽瘡瘍時所見，以及仵作（古代法醫）驗尸之記錄（此需與刑部、大理寺謹慎溝通），互相印證。待時機成熟，知識積累足夠，或可爭取特許，以無人認領之死囚、戰場無名尸身，進行極少數的、嚴謹的、以研究為目的的解剖，并需訂立嚴格章程，尊重亡者，事后妥善安葬?！?
秦鳴鶴思慮良久，長嘆一聲：“太子太師思慮周詳，步步為營，老朽……愿附驥尾，為我華夏醫道，開一新途?？v然身前身后，謗滿天下，亦在所不惜！”
有了秦鳴鶴的支持，李瑾立即行動起來。他首先向武后和高宗上了一道長長的奏表，詳細陳述了當前軍中醫護、民間疫病防治的薄弱，以及《開元寶典》編撰過程中發現的醫藥知識混亂、傳承保守等問題。他提出，為“上以護佑天子百官之康寧，下以拯濟軍國民人之疾苦”，當“博采眾長，融會古今，建立醫教，系統傳承”，請求正式設立“大唐醫學院”，隸屬格物院，但享有獨立招生、教學、研究之權，并請求朝廷在政策、經費上予以支持，并準許其在特定情況下，為精研醫術，可“觀察獸體，類比人身，并謹慎參考軍、刑之有限記錄，以明形體結構，精進外科正骨之術”，措辭極為謹慎，避開了“解剖”這個敏感詞，強調目的是為了治療外傷、戰傷，并應對疫病。
奏表在朝中引起激烈爭論。反對者辭激烈：“以禽獸比人，已是褒瀆！還要參考刑獄尸身記錄，殊為不祥！”“醫術關乎仁心，豈可如工匠般操刀弄斧？此非醫道，乃屠沽之術！”“身體發膚，受之父母，孝之始也。如此作為，將置人倫于何地？”