支持者則多為務實派將領（他們深知軍中傷兵若有更好的外科救治意味著什么）、部分經歷過疫情的地方官，以及被李瑾私下說服的、對醫學有開明看法的官員。雙方爭執不下。
關鍵時刻，武后發話了。她先是肯定了“仁心仁術”的重要性，接著話鋒一轉：“然，若無精妙之術，仁心何以施救？軍中將士為國捐軀，若因救治無方而殞命，豈非令忠魂含恨？去歲洛陽時疫，若非格物院防疫之法略有效驗，死者何止于此？太子太師所奏，重點在于培養療傷防疫之實用醫者，觀察獸體亦為精進救治之術，且明謹慎，不違大體。朕以為，可試行之。醫學院可設，然需嚴加管束，以臨床診治、防疫活人為先，研究之事，需有限度，不得驚擾世俗，違者嚴懲。”
有了武后的定調，加上高宗皇帝對當年秦鳴鶴金針之術的好感，以及自身對“風疾”等病癥治愈的渴望，最終下旨批準。麟德十一年春，“大唐醫學院”在格物院旁專辟的院落正式掛牌成立。李瑾任名義上的“院監”，秦鳴鶴實際主持院務，并征召了太醫署數位在傷科、針灸、本草方面有真才實學的博士，以及多位民間名醫、軍中經驗豐富的瘍醫擔任教習。首批學員一百二十人，來源復雜，有太醫署的年輕醫官，有民間郎中的子弟，有識字的軍中傷兵老卒，甚至還有幾個對醫術感興趣的道士和還俗僧人。
醫學院的課程設置，體現了李瑾“融合古今，重視實踐”的思路。上午學習《黃帝內經》、《傷寒論》、《神農本草經》等經典理論，但要求結合病例討論；下午則分科學習，瘍科學生必須學習初步的“形體明解”（以獸類解剖圖和模型為主），練習傷口清洗、縫合、包扎技術，并使用特制的豬肉、羊腸進行模擬手術；醫學（內科）學生則需學習疫病辨識、防疫措施，并開始嘗試記錄詳細病案，包括癥狀、用藥、療效；藥科學生則需學習藥材辨識、炮制，甚至嘗試用蒸餾法提純酒精（用于消毒）、萃取某些植物精油。
最大的突破，發生在醫學院成立三個月后。在極為保密的情況下，秦鳴鶴帶領幾名最信得過的瘍科教習和優秀學員，在城外一處僻靜的莊園內，進行了第一次獼猴解剖。李瑾親自到場監督。當那只被麻醉（使用了改進的麻沸散配合高度酒）的獼猴被固定好，秦鳴鶴手持一柄用沸水煮過、又在酒精燈上灼燒過的小刀，顫抖著劃開皮毛時，所有人都屏住了呼吸。肌肉的紋理、筋膜的走向、骨骼的連接、內臟的位置……那些只在模糊傳說和圖譜中存在的結構，第一次如此真實、清晰地展現在一群醫者面前。他們小心翼翼地分離、觀察、記錄、繪圖，并與之前根據獸類推測的人體結構圖進行比對、修正。
這次解剖本身，或許在醫學史上微不足道，但對于在場的每一個人，其心理沖擊是巨大的。神秘感被打破，代之以一種混雜著敬畏、激動和強烈求知欲的復雜情緒。原來，生命的構造如此精妙，又如此“實在”。
隨后，野犬、家豬的解剖也陸續進行，并開始系統研究不同部位創傷的愈合過程，嘗試不同的清創、縫合方法和藥物。酒精的消毒作用被明確證實，煮沸布匹、器械的重要性得到強調。盡管“病菌”概念尚未提出，但“邪毒”、“腐氣”可通過不潔之物傳播的觀念，以及“潔凈避穢”的操作規范，開始在醫學院內部成為鐵律。
同時，秦鳴鶴通過私人關系，從刑部、大理寺的仵作那里，獲得了部分無主尸身或死刑犯尸體的粗略檢驗記錄（主要是體表特征、傷痕、骨骼損傷情況），并與解剖所見相互印證。他還秘密尋訪了幾位經驗極為豐富、曾處理過嚴重腹部外傷（多為戰場或意外）而僥幸存活病例的軍中醫官和民間瘍醫，記錄下他們模糊的記憶和手法。
這些點點滴滴的知識，被不斷整理、繪制、修正，形成了一系列更為精確的人體解剖圖譜（仍標注大量存疑和推測）、外科手術器械圖（設計了更小巧的刀、剪、鉗、鉤，并要求用精鋼打造，便于煮沸消毒）、外傷處理規范、常見骨折固定法、以及針對癰疽、箭傷、刀傷、燒傷的分級處理方案。這些內容，被作為“瘍科高級教本”，在醫學院內部小范圍傳授。
麟德十一年秋，一場邊境沖突中，數名重傷的唐軍士卒被送回洛陽。軍中醫官束手無策。醫學院請求介入。在得到兵部特許后，秦鳴鶴帶領瘍科學員，在嚴格消毒（沸水、酒精）和麻醉（改良麻沸散）下，為一名腹部貫通傷、腸管破裂的士兵進行了清創、腸管縫合、腹腔清理、腹壁縫合手術。術后，傷員被安置在專門準備的、保持潔凈的隔離病房，由學員輪流監護，以糖鹽水維持，外敷特制“玉紅生肌膏”（一種改良的促進愈合藥膏）。盡管傷員最終因失血過多和術后并發癥在五日后去世，但手術本身成功了――傷口沒有出現嚴重的潰爛，這給了醫學院上下巨大的信心。
隨后，他們對幾名四肢骨折的傷員使用了新式的夾板固定法（基于更準確的骨骼知識），對復雜傷口進行了更徹底的清創和縫合。這些傷員的愈合速度、感染比例，明顯優于傳統方法處理的傷員。消息逐漸在軍中傳開，一些中下級將領開始主動將重傷員送往醫學院附屬的“傷療所”嘗試治療。
醫學院的名聲，首先在軍隊和下層百姓中悄然傳開。雖然士林清流中對“操刀弄血”仍有鄙夷，但實實在在的療效，逐漸改變著一些人的看法。而醫學院培養的第一批學員，也開始將“潔凈”、“消毒”、“規范操作”的理念，以及一些簡單有效的外傷處理、正骨手法，帶往軍隊和民間。
李瑾知道，真正的醫學革命，路途尚遠。解剖學的倫理障礙、病菌理論的缺失、無菌操作的原始、麻醉和止血技術的落后、對多數內科疾病依然無力的現實……都是巨大的挑戰。但第一步已經邁出。一所系統傳授醫學知識、強調實證觀察、開始觸碰人體奧秘、并將外科和防疫提到重要位置的醫學院，已經建立。一種新的、融合了傳統智慧與實證精神的醫學思想和實踐，如同石下嫩芽，開始在這片古老的土地上，艱難而頑強地生長。
醫學院深處，那間保密的研究室墻上，掛著一幅新繪制的人體骨骼肌肉?圖，比最初李瑾提供的草圖精確了許多。秦鳴鶴常常站在圖前，久久凝視，對身邊的弟子嘆道：“先賢‘上工治未病’，然傷病已生，則需‘上工明其形，知其所以然，而后能治’。此路漫漫，吾等當如履薄冰，慎之又慎，然其志不可奪也。”
窗外，是洛陽城連綿的屋舍，無數生命在其中誕生、成長、病痛、衰老。一場靜默的、關乎億萬生民健康的革新，已然在格物院一隅，悄然播下了最關鍵的第一粒種子。_c