格物院內的“科學種子”在爭論與實踐中悄然萌芽之時，帝國的東南沿海，一場規模與意義更為宏大、直接牽動著王朝財富命脈的變革，正伴隨著浩蕩天風與拍岸驚濤，以前所未有的力度鋪開。這場變革的核心，是“市舶司”這一古老機構，在全新的理念與迫切的需求下，被重新注入靈魂，從零星點綴變為沿海要津的普遍建制，從粗放管理轉向精細、系統、以國家力量為后盾的積極經略。
麟德十二年秋，廣州。這座帝國最繁華的對外貿易港口，正經歷著它千年歷史中又一個喧騰的早晨。珠江口舳艫相接，帆檣如林。除了傳統的大食、波斯、天竺、真臘（柬埔寨）、占城（越南中南部）的“番舶”，來自朝鮮半島、日本列島（尤其是在“東海征伐”之后）、琉球、乃至南洋諸島的新舊船舶也絡繹不絕。碼頭上，膚色各異、語迥異的商賈、水手、力夫穿梭如織，香料、象牙、犀角、珍珠、琉璃、珊瑚、各色木材的奇異氣息，與海風的咸腥、汗水的味道混雜在一起，構成了廣州港特有的、充滿活力與欲望的氣味。
然而，在這片看似自由奔放的繁華之下，是長期存在的混亂、低效與利益流失。以往，朝廷對海外貿易，大抵持“懷柔遠人，互通有無”的寬容態度，但管理上卻頗為粗疏。雖有“市舶使”之設，往往由嶺南節度使或廣州刺史兼任，或由宦官充任，其主要職責是“閱貨宴賓”――查驗貨物、征收“舶腳”（一種進口稅，通常十分抽一）、管理番商居住的“番坊”、主持宮市（優先購買宮廷所需奢侈品），并負責“招徠安撫”。這種管理，政治象征意義大于經濟實效，且極易滋生腐敗。市舶使與地方豪強、富商、番舶“綱首”（船長兼商人首領）勾結，低報貨值、夾帶走私、偷漏稅款乃是常事。大量的貿易利潤流入私囊，朝廷所得有限。貿易規模也受限于官方控制的口岸和朝貢體系，民間海商往往處于灰色或非法地帶，難以壯大。
“東海征伐”的勝利，以及格物院帶來的航海、造船、制圖技術的進步，極大地刺激了朝廷，尤其是武后與李瑾眼中，海洋所蘊含的、遠超“奇珍異寶”范疇的戰略與經濟價值。日本的金銀礦脈已初顯利益，南洋的香料、印度的棉布、波斯的寶石、大食的玻璃器皿乃至更遙遠地方的物產，都意味著源源不斷的財富。而大唐的絲綢、瓷器、茶葉、鐵器、書籍，在海外更是硬通貨。若能將這海上貿易的洪流有效管理、引導、并從中汲取財力，其對朝廷賦稅、對國內手工業、對水師建設、乃至對整個國力的提升，將無可估量。
朝堂之上，一場關于如何管理海外貿易的激烈辯論早已展開。保守的朝臣認為，海外貿易固然有利，但番商匯聚，易生事端；錢貨外流，有損國本；且商人重利輕義，長此以往，恐壞人心風俗。不如維持舊制，以朝貢貿易為主，嚴控民間下海，確保“華夷之防”。而李瑾、劉仁軌（已因東海戰功晉升，對海事極為熱心）及一批務實派官員則力主改革。他們指出，前隋及本朝前期，廣州等地市舶之利，已甚為可觀。如今水師強盛，海道暢通，正是大力拓展海貿、坐收其利之時。關鍵在于變被動“懷柔”為主動“經理”，變粗放征收為精細管理，變默許走私為合法引導，將海上貿易納入國家掌控，使之成為朝廷穩固的財源，而非地方官吏與豪強的私宴。
李瑾更提交了一份詳細的《請廣設市舶司以經理海疆、豐實國用疏》。在這份奏疏中，他系統提出了全新的市舶司構想：
1.廣設機構，統一事權：不僅于廣州，更在揚州（長江口，溝通江淮財富之地）、泉州（新興港口，對琉球、日本貿易便利）、明州（寧波，對日、朝貿易要沖）、交州（越南河內附近，面向南海）等主要對外貿易港口，普遍設立市舶司。市舶使由朝廷直接委派精明強干、通曉海事商務的專職官員擔任，不再由地方節度使或刺史兼任，以確保事權統一，專司其職，直接對戶部（或皇帝）負責，減少地方干擾。
2.完善稅制，透明征收：廢除過去隨意性大、易于舞弊的“十分抽一”舊例，制定詳細的《市舶則例》。將進口貨物分為“粗貨”（如香料、木材、藥材等大宗）、“細貨”（如珠寶、象牙、犀角等奢侈品），按種類、品質、數量分級定稅，稅率公開。設立官方評估的“看驗所”，由專業“牙人”與市舶司官吏共同勘驗貨物，估定價值，發給“公憑”（納稅憑證），憑公憑方可入市交易。出口貨物亦需登記報稅，但稅率從輕，以鼓勵輸出。
3.官督民辦，鼓勵海商：鼓勵民間資本組建船隊，赴海外貿易。市舶司負責發放“出海公憑”（類似貿易許可證），規定航行路線、往返時限，并可根據船隊規模，派水師士卒隨船護航（收取護航費）。船隊返回，須先至發證市舶司報到，接受查驗、納稅。同時，設立“保舶”制度，由實力雄厚的海商或商行為出海船隊作保，確保其不違禁、不夾帶、按時返航納稅。
4.設立棧場，規范交易：在市舶司管轄區域內，設立官營的“棧場”（倉庫、貨棧）和“互市場”。番商貨物可存入棧場，由官方提供保管、評估、翻譯、中介服務，收取棧租、牙錢。交易在互市場公開進行，減少欺詐。市舶司還負責調解番漢商民糾紛，維持市場秩序。
5.招徠與保護并重：善待番商，保護其合法財產與人身安全，允許其在指定“番坊”居住、經營，甚至與唐人通婚（所生子女需入唐籍）。但對違禁貿易（如兵甲、銅錢、人口走私）、違法亂紀者，嚴懲不貸。鼓勵番商帶來新作物種子、珍奇動植物、書籍、工藝技術，可酌情減免稅收，甚至給予獎賞。
6.水師護航，打擊海盜：強化沿海水師力量，明確其護航商船、清剿海盜、巡查走私的職責。將水師活動與貿易航線緊密結合，保障海道暢通安全。
7.信息匯集，繪制海圖：各市舶司需詳細記錄往來船舶、貨物、商人、航線信息，定期匯總至中央（李瑾建議由戶部與格物院地輿館共同管理），用于分析貿易流向、制定政策，并不斷修訂、完善海圖。