天武天皇（現稱倭國王）遞上降表，并不意味著萬事大吉。那只是一場盛大儀式，一份書面承諾。如何將軍事勝利轉化為穩固有效的統治，將倭國這個桀驁不馴的島國真正納入大唐的掌控，才是遠比戰場廝殺更復雜、更考驗智慧與耐心的任務。李瑾深知，征服易，統治難。尤其是面對一個孤懸海外、語文化迥異、地形破碎、豪族林立的地方，直接設立郡縣、派流官治理，不僅成本高昂，而且極易激起持續的、難以撲滅的反抗，將唐軍拖入治安戰的泥潭。
羈縻，是唐朝處理邊疆和歸附少數民族政權的成熟政策。其核心在于“因俗而治”，承認地方首領的世襲統治權，保持其原有的社會結構和風俗習慣，但必須接受唐朝的冊封，奉大唐正朔，定期朝貢，并在軍事、外交上服從中央調遣。這種方式成本低，阻力小，能有效維持邊疆穩定，并將這些地區逐步納入中華文化圈。
對倭國，李瑾打算采取一種更為深入、控制力更強的“羈縻-都督府”復合模式。在保留倭國原有統治架構（倭國王及其朝廷）作為民政象征的同時，設立一個權力極大、由唐人擔任的“倭島都督府”，總攬軍政、監察、外交、重要資源開采等核心權力，形成事實上的“二元統治”，最終目的是將倭國徹底改造為一個唯大唐馬首是瞻、資源可控、戰略可靠的海外藩屏和前進基地。
奈良城（唐軍已正式將其改回原名“藤原京”，以示對倭國舊制的否定，但為敘述方便，仍稱奈良）原太政官署，如今的大唐征東元帥行營，成了新政令的制定中心。李瑾召集了何迦樓、金仁問、隨軍文吏、以及少數經過甄別、表現合作且通曉倭國事務的降倭貴族（如曾作為遣唐使、對唐文化有親近感者），連續數日閉門商討。
“羈縻之要，在于分而治之，以夷制夷，更要抓住命脈。”李瑾指著墻上新繪制的倭國全圖（依據倭人獻上的舊圖及唐軍探查補充繪制），對眾人闡述他的構想。
“其一，分權。倭國舊制，權力過于集中于畿內貴族，尤以藤原氏為甚。此番藤原不比等雖逃，其族勢力猶在。我等當扶植其他勢力，如蘇我氏殘支、地方有影響力的國造（地方豪族）、甚至部分佛寺勢力，使其相互制衡。倭國王（天武）一脈，可暫且保留，以為象征，但其子嗣、近支，必須入質長安，其本人亦需在適當時機‘請旨’移居洛陽‘頤養’，使其遠離倭國權力中心。”
金仁問對新羅內部傾軋和倭國政治素有了解，點頭道：“大帥明鑒。倭國貴族，內斗不休。可效漢武推恩之策，明升暗降，分化其領地、部民。對恭順者，許以唐官虛銜、貿易之利；對首鼠兩端者，以兵威震懾；對冥頑不靈者，則借‘平叛’之名，以雷霆手段除之，其地或設軍鎮，或分賞有功歸順之豪族。”
“其二，控軍。”何迦樓接口，手指劃過本州、九州、四國之間的海域，“水師乃我立足之本。當在九州博多津、本州難波津、四國屋島（后世高松附近）等要害之處，建立永久性水師基地，常駐精銳戰艦，控制航道，震懾不軌。倭國原有水軍船艦，一律銷毀或征為商用，禁止其再造大船。陸上，于畿內、九州、本州關東等要地，設立軍鎮，駐屯我唐軍精銳，以為威懾。倭國舊有軍團、貴族私兵，除少量維持地方治安者，余者盡數解散，兵器甲仗，集中收繳管理。”
“其三，掌財。”李瑾點向地圖上幾個被特別標記的區域，那是從投降貴族和僧侶口中拷問出的、已知的主要金銀礦藏地點，“倭國貧瘠，然多金銀。其佐渡、石見、甲斐等地，皆有富礦。此乃其命脈，亦是我大唐此番用兵所耗之補償，未來控制其國之鎖鑰。當立即派遣精干吏員，由工兵及格物院匠師（隨軍帶有勘礦工匠）護送，前往勘察，設立礦監，招募當地民夫，以我唐法、唐技開采。所得金銀，大部輸送洛陽，小部留作駐軍及行政開支。此為其戰爭賠款之主要來源，亦是我羈縻其國、籠絡本地合作者之資源。”
“其四，通文教，定法統。”隨軍主簿，一位出身弘文館的學者補充道，“倭國文字、衣冠、制度，多仿我唐，此乃羈縻之利基。當勒令其國，公文、典籍、科舉（若有）、官方禮儀，必須全用漢文、漢字。鼓勵倭國貴族子弟入長安國子監、太學就讀，習儒經、明禮法。其國中，可設‘唐學所’，教授漢文、儒學、算學。久而久之，其精英必以通漢學為榮，心向大唐。其國史書，需由我唐官審定，去除僭越之語，申明永為唐藩之x。其神道教、佛教，可暫不干涉，然其寺田、僧兵需加限制，其領袖需受唐官敕封或認可。”
李瑾贊許地點頭：“諸位所，皆中肯綮。可依此擬定《倭島羈縻敕令》，詳列條款。然，徒法不足以自行。需有一強有力之機構，總攬執行，監察各方。故，本帥意，奏請朝廷，于此處設立‘倭島都督府’。”
他站起身，走到地圖前，手指重重點在奈良的位置，但隨即又移向靠近海岸的難波津（大阪）：“都督府駐地，不設在奈良這舊都。奈良乃倭國舊勢力盤踞之地，關系錯綜復雜。當設于難波津！此地瀕海，便于與我水師聯絡，交通便利，亦遠離舊貴族之窠臼。以難波津為基，興建新城池、港口、官衙、倉廩，名為‘鎮倭城’！倭島都督府，便設于鎮倭城內！”
“都督一職，權柄極重。總攬倭島（包括本州、九州、四國及附屬島嶼，蝦夷地暫不置）一切軍政要務，掌駐軍、巡海、勘礦、征糧、監察官吏、審理要案、對外交涉之權。倭國舊有之太政官、國司、郡司，其政令需經都督府核準備案，方可行之。倭國王之政令，無都督府副署，不得出王宮。都督有專斷之權，可先斬后奏！”
“首任倭島都督……”李瑾目光掃過帳中諸將，最后落在金仁問身上，但隨即微微搖頭。金仁問雖熟悉倭情，但畢竟新羅王子身份特殊，用其安撫九州尚可，總督全倭則易生嫌隙。他又看向何迦樓，何迦樓是水師名將，但治理地方非其所長。他心中已有計較，但此時不必明。
“都督人選，需穩重干練，通曉政務，熟稔邊事，更需忠心不二。此事，本帥將專折奏明圣上與天后，請朝廷簡派重臣。在新都督到任前，暫由本帥兼領都督事，以行軍司馬府兼理都督府政務，何總管總督水師及海防，金安撫使（金仁問）仍理九州民政，并協理本州招撫事宜。”
“此外，”李瑾繼續道，“于九州博多設‘鎮西軍府’，于本州東北陸奧（后世仙臺一帶）設‘鎮東軍府’，于四國設‘南海軍府’，皆受倭島都督府節制，分轄各地駐軍，鎮壓不軌，開拓疆土（尤其是蝦夷地）。”
一套融合了羈縻政策、軍事控制、經濟掠奪、文化同化的完整統治藍圖，在李瑾和其幕僚的商討中逐漸清晰。這不僅僅是戰后的權宜安排，更是意圖從根本上改造倭國，將其牢牢綁定在大唐的戰車之上。
麟德八年九月，經過一個多月的籌備和威逼利誘下的談判（主要對象是那些希望在新秩序下分一杯羹的倭國貴族），《大唐皇帝敕令：置倭島羈縻都督府及善后事宜條陳》（簡稱《倭島羈縻敕令》）正式以李瑾的名義頒布，并快馬送往洛陽，請皇帝、天后用璽批準。同時，在奈良及各地以漢、倭兩種文字張貼告示，曉諭全倭。
其主要內容如下：
一、政治架構：
1.去倭國“天皇”號，復稱“倭國王”，由大唐皇帝冊封，世襲罔替，然其廢立需經大唐核準。
2.倭國王仍居奈良舊宮，保留象征性禮儀職能，可設簡化之朝廷（去“太政官”等僭越名號，改稱“王府”），處理日常瑣碎民政，但其所有政令，須經“倭島都督府”核準用印，方為有效。
3.設“倭島都督府”于難波津（即刻動工興建鎮倭城），總攬倭島全境（本州、九州、四國等）軍政、監察、外交、礦務、貿易、司法要務。都督由大唐皇帝直接任命，通常由宗室、重臣或心腹大將擔任，權力極大。