永歷四年十一月，平南王尚可喜、靖南王耿繼茂攻陷廣州，定南王孔有德占領桂林，駐于梧州的永歷朝廷在同一日聞聽兩座省會陷落，當即便是亂成了一團。梧州位于兩廣之間，于現今的形勢乃是處于備受夾擊之勢。不需要太多廢話，朝廷上下倉促而逃，直奔南寧而去。

南寧是廣西南部的重鎮(zhèn)，永歷君臣打算到了南寧，起碼是暫且脫離了清軍的兵鋒之后再做打算。待到途徑潯州地界，慶國公陳邦傅決議降清，準備將永歷帝獻給清軍，結果被永歷帝提前獲知，“沖雨而過”。未能將永歷帝作為投名狀送給清軍，陳邦傅干脆劫掠了一番隨行官員，隨后殺了撤退至此的宣國公焦鏈，憑此與其子文水伯陳曾禹向孔有德投降。

脫得虎口，但是兩廣即將陷落，再加上撤退時的漫無組織，亂兵乘機劫掠，一些有心追隨朝廷的官員也裹足不前。

到了此時，隨行的只剩下了內閣大學士嚴起恒、錦衣衛(wèi)馬吉翔、太監(jiān)龐天壽等少數官僚。除了鎮(zhèn)西將軍朱旻如在昭平縣陣亡、被革職的朝臣汪皞投水自盡以外，如明末四公子之一的方以智和五虎之一的“虎牙”金堡剃發(fā)為僧，逃入禪宗；如兵部尚書劉遠生及其弟五虎之一的“虎皮”劉湘客避入深山；如魯可藻、錢秉鐙、王夫之等人都是在這時脫離永歷朝廷返回清政府統(tǒng)治下的故鄉(xiāng)以遺民自居。

相對這些脫離明廷的，身在廣西的大學士唐諴、戶部侍郎張尚、大理寺丞吳德操、廣西巡撫余心度、督糧參議魏元冀等均先后向孔有德降清；而那些在廣東的高官顯宦們，如黃士俊、何吾騶、楊邦翰、李貞何、吳以連等同樣是投誠恐后，其中黃士俊年已八十二矣，有嘲之者云：“君王若問臣年紀，為道今年方剃頭！”

除了這些人之外，素來以風節(jié)自命，曾降于清廷，也曾跟隨李成棟反正的“虎頭”袁彭年和“虎尾”丁時魁，一個在廣東向尚可喜投降，另一個則在廣西向孔有德?lián)u尾乞憐，并且有志一同的自稱當年在廣州反正是受到了李成棟的逼迫所致。

廣州、桂林，兩處失陷，大軍敗潰、星散，更有如陳邦傅者轉而降清的，而忠貞營在此事也已經無法于兩廣立足，只得北上夔東與其他大順軍殘部匯合。

明廷在兩廣的統(tǒng)治大有樹倒猢猻散的勢頭，永歷朝廷哪怕是逃亡南寧也同樣是朝不保夕。廣西清軍步步南下，永歷朝廷下詔令鄭成功率部勤王，奈何中左所遭到突襲，鄭成功不得不原道返回；自請督師夔東的首輔大臣文安之在路上遭到了孫可望的扣留；至此，永歷朝廷也只得再度向孫可望讓步，冊封其為冀王，結果自然是被一心求取秦王封號的孫可望所再度否決。

永歷五年二月，廣西清軍南下柳州，南寧岌岌可危，永歷朝廷已退無可退。眼見于此，孫可望連忙派出親信部將賀九儀、張明志領勁兵五千趕赴南寧護駕。二將抵達南寧后，殺兵部尚書楊鼎和，逼死阻撓封秦的首席大學士嚴起恒。到了次月，永歷帝不得不正式承認了陳邦傅、胡執(zhí)恭矯封孫可望的秦王爵位，為滇封一案畫上了一個句號。

由于大西軍前來護駕，清軍的攻勢漸緩。待到大半年之后，清軍再起大軍，并且于臘月占領南寧。